两人都不是嗜杀之人，更何况大家都是地球的同胞，当然，该讨要的东西也是要争取的，谁叫对方之前声势浩大的进行抓捕呢。
　　在损失了一大批资源，外加一部分珍贵信息之后，双方意见终于达成了一致，何以居方归还俘虏，当然那些飞行器就不要想了。孟解方则放弃对商九辕的追捕，并且退回南部大陆，不过约定六个月之后一同尝试潜入深海，寻找前任指挥官洛安州的下落。
　　孟解不可能全然对商九辕放下戒心，同样的，商九辕，何以居也不会信任南部基地，不过双方都需要一些时间，于是相安无事的结束了这次谈判。
　　谈判之后，又是一段忙碌期，而暗黑大陆的春季渐渐走远，繁茂的夏季降临，大地生机勃发，全然不知，自己生活在一个怎样的世界。
　　1号基地和2号终究还是进行了一场大规模的迁移，当然，原址基地也没有放弃，而是变成了如同3好基地一样的分基地。
　　同时超级感染体渐渐出现在众人的视线当中，这种可怕的生物有些两个非常显著的特点：一，体型巨大，二，感染性超强。不过像第一次碰到的那种有明显思考能力的没有，看来最初碰到的那只是融合了芯片，属于特殊情况。
　　北部总基地建造好之后，旁边不远就是油田，能源也充足起来，PDK带着自己的少爷来到了新址，并且在AI的帮助下对少爷进行了改造。这一次改造从开始到彻底结束持续了三个月的时间，三个月之后，少爷推着轮椅走了出来，轮椅坐着一个少年冲着他们笑。
　　那一天，基地众人都有些小惊艳，似乎才发现，这个变异体原来还长得挺好看，浑身上下透露着贵气，确实应该是个少爷了。
　　不过少爷不会说话，他也不需要进食，他仍旧讨厌阳光，他的双腿正在恢复……
　　这样的变化渐渐消除了众人对他的恐惧和猜忌。PDK说那个芯片能够完善大脑结构，少爷的记忆被重新激活，并在逐步恢复。
　　PDK变得越来越爱笑，整个人都仿佛被激活了一般，生活似乎也有了目标。为了表达感谢，他将AI给的那两个机器人进行了升级，外表虽然没什么变化，毕竟没有仿生皮肤的材料，但已经开始有了智慧。PDK甚至表示，如果何以居想要机器人有皮肤，自己可以将死人的皮肤移植上去，何以居连连摆手，表示这样就很好看了。
　　为了应对超级感染体，何以居也打造了庇护神像，当总基地成功扩张成一个小城池的时候，何以居开始有意识的组建小队在外寻找超级感染体进行击杀。
　　一来二去，何以居的天赋宝石也升级了，加上不断完成系统发放的任务，在第四个月的时候，何以居解锁了最后一个节点【能源加工厂】。
　　让何以居觉得欣喜的是，基建系统的科技与安LAN科技可以融合发展，就像之前机器人对高阶兵种进行改造一样，两个科技并不矛盾，这大概也是系统早就考虑到的问题。
　　何以居忙碌的期间，商九辕也在忙着收集资料，并且自己前往过几次母河。只是犹豫了几次，他最终都没有将自己的打算告诉何以居，他还是怕了，万一地表上有入侵者呢！万一次元门外就是死亡呢！甚至万一穿越次元门，恢复记忆的不止他一个呢！
　　考虑的时间越长，顾虑也就越多，商九辕的异常何以居自然有所察觉，“君君，等下个月我们去白鹿山看看吧，下下个月，我们去母河拜访双子星河，去年说好的。”
　　商九辕自然同意，他抱着何以居坐在一处高山上看日落，太阳将天边晕染成了血红色，有些刺目，“蜗蜗今天吃了几颗小白菜？”
　　“四颗！超级水灵灵，口感贼好！”何以居窝在商九辕的怀里，认真回应。“君君，有心事要告诉我，蜗牛壳也可以当树洞的，你不说，蜗牛怎么会知道呢。”
　　听着何以居格外认真的语气，商九辕忍不住笑了，“好，有事会同蜗蜗说的。”
　　何以居点头，等了片刻却没等到下文，两人只能相拥着看远方的日落，远处的山峦间都是白雾，整个世界宛如云海，偶尔露出来的山头，如同一座座孤立无援的小岛。
　　何以居虽然反应迟钝，但他也似乎感觉到了什么，于是更加拼命的发展基地，希望自己能够变得更加强大，能给商九辕以安全感。是的，一只慢吞吞的蜗牛，也是有男友力爆棚的时候。
　　反观商九辕，却似乎突然变成了蜗牛，小心翼翼将心事收进蜗壳中，不让其他人看到。
　　当然，基地的发展并非一直一帆风顺，超级感染体的出现进一步压缩了人类的生存空间，小型基地开始退出舞台，大中型基地逐渐联合成整体，人类文明体系也在被迫成型。
　　在第五个月，何以居收拾好行囊与商九辕一同离开，前往白鹿山探望老朋友的时候，南部基地终于按捺不住，对北部基地发动了攻击。
　　发动攻击的并不是孟解，而是南部基地中另一个举足轻重的人物，他是前任指挥官坚定的拥护者，对于孟解做出同商九辕和解这种行为极为不满。他不相信商九辕会主动帮忙寻找前任指挥官洛安州，于是在这五个月中集结了一大批人，穿越母河，直奔总基地发动攻击。
　　总基地中显然有他的耳目，否则不会何以居，商九辕两人前脚刚走，后脚就来进攻。
　　然而进攻只持续了不到半个小时就结束了，总基地的发展速度是超乎想象的，尤其是系统科技与安LAN科技结合之后。飞行器制霸领空，改造后的高阶兵种以一敌百，加上基地各种五花八门的守城武器，当然，还有强大几乎能应对各种场景的法师们。
　　因为何以居和商九辕都没在，总基地将人抓起来看押，打算留后处置。
　　被抓的那人满目都是仇恨，与孟解真的是两种完全不同的性格，基地几次尝试沟通，都被他无差别的喷了回来，气的基地人员想打人。任优优也去看过一次，这个女孩一直在为基地的发展而努力，更是何以居的忠实粉丝。
　　结果可想而知，那人喷人还没喷完，就被任优优打的鼻青脸肿，后来还是任优优的老公来了将人拉走。看守人员不禁唏嘘，想当初任优优队长是多么温柔一个人啊。
　　何以居从电话中得知了基地的消息，得知没什么损失，还缴获了一大批资源之后也就不担心了，同商九辕一起抵达白鹿山脉。
　　白鹿山脉经过一年，白□□域已经消退了很多，山里面活跃着很多生灵。阳春，柳白，白雪还生活在一起，那株柳白化成的骨兰生长的极快，用不了几年就能化形的样子。白雪热情的嘎嘎嘎欢迎着何以居，阳春一如既往的包容温和。
　　老朋友相逢总是让人愉悦的，在白鹿山上，甚至让商九辕都暂时忘掉了忧虑。何以居更是惊喜的在一处山谷发现了一大片白菜地，阳春说是白雪从四处搜集来种子，然后一颗一颗种下的。
　　白雪被何以居抱着一通蹭，蹭的鸟毛都要掉了，直到小企鹅有些嫉妒的从衣兜里爬出来，用小翅膀推开乌鸦。并且回身抱住何以居的脸颊，表明所有权。
　　白雪看企鹅有些懵，随后开始嘎嘎嘎狂笑，大概是从来没有见过这样的鸟，气的小企鹅都要干架了。倒是阳春看着小企鹅若有所思，最后告诉何以居，自己似乎刚来这个世界的时候，意识在朦胧中见过企鹅仔。
　　虽然阳春没能提供更多的信息，但何以居依旧很开心。两人在白鹿山呆了三天，这才辞别，动身返回总基地。
　　总基地一如既往的和谐，发展飞速，安全舒适，在这暗黑大陆，简直像个世外桃源。
　　喷子先生被关了数天，此时也有些精神不济，不过当听到看守人员聊天说到指挥官回来时，瞬间又精神抖擞，一副随时准备开战的模样，结果等啊等，等了小半个月，也没有人来见他。喷子先生终于忍不住询问看守人员如今的情况，看守人员十分好脾气的安慰他：“别怕，肯定是指挥官又忘了。”
　　于是喷子先生努力安下心来继续等了半个月，仍旧没有等来商九辕或何以居，忍不住再次询问看守人员，看守人员告诉他，指挥官和指挥官又出去度蜜月了。
　　喷子先生“……”
　　看守人员继续安慰：“不用担心，没人提醒的话，指挥官这辈子都不会想起来的，所以你就安心的在牢房里渡过余生吧。”
　　喷子先生并不安心，他总想着搞事，他坚定的告诉自己，这只不过是商九辕，何以居在同自己打心理战，自己不能认输。直到几年之后，喷子先生嚎啕大哭，终于认识到当初的自己还是太年轻。
　　这边，商九辕与何以居如约前往母河海底探望双子星河，乘坐潜水艇，两人很快来到了海底基地，从那里，两人得知了两只企鹅仔的真实身份。为了维持生态球最初的生态稳定，安LAN人创造了三个管理者，最高级别的管理者就是双子星河，他生活在南北交界处，负责管理中部大循环。
　　另外两个管理者分别管理南北两半球，管理两半球无法移动的主框架，维持生态平衡和稳定。对照三个管理者，分别建造了三个基地，即海底基地，南北两基地。
　　但是还没等把两只企鹅仔送到南北两基地，生态球就遭遇了入侵者攻击，所有智慧生命全部通过次元门前往了地表，于是企鹅仔就陪着双子星河留在了海底基地。
　　双子星河还说，小企鹅可以感受他人心中善恶，从而判断南北半球生活的生命，避免出现极端破坏者，两只企鹅仔不单单是钥匙，更是管理者和平衡者。
　　听到这里，何以居想起了不久前阳春说过似乎见过小企鹅的话，而阳春身为山神，同样拥有感知他人善恶的能力。也许，白鹿山能转换时空来到这里，并不是偶然。
　　这一次，两人在海底基地停留了略长的时间，七天之后才重新返程。双子星河送别了两人，依旧是那副不谙世事的样子，依旧执着的等待着00931舰队和舰队队长。
　　回程中再次路过那只巨大的章鱼化石，商九辕不知突然想到了什么，却什么都没说，只是将何以居送回了基地，并且煮了很多很多白菜鱿，然后连续几天种了一大片小白菜，确定白菜苗冒芽之后，又给了何以居一枚空间戒指，“蜗蜗，我出门一段时间，你的壳要留在基地不方面移动，出门的时候物资就暂时放在戒指里吧。”
　　何以居拿着戒指，询问道：“君君什么时候回来？”
　　“很快。”说着闻了闻何以居的额头，又亲了亲何以居的嘴唇，这才离开。
　　只是何以居没想到，这个很快其实一点都不快，当冬雪再一次覆盖暗黑大陆，何以居意识到了什么。
　　总基地众人就只能这么无力的看着自家指挥官一天比一天沉默，一天比一天站在基地门口的时间长。
　　商九辕失踪之后，何以居的生活变得无比规律，似乎他曾经也这样渡过了很长一段时间。只是他每天都会在基地门前等很久，希望能看到商九辕回来的身影。
　　第二年春天，总基地开始飞速发展，小型城池最终在这一年变成了大型城池，系统科技与安LAN科技的碰撞融合开辟了另一条全新的科技线。AI甚至都在PDK的帮助下有了身体，可以离开北部基地，并且也在逐步觉醒智慧。
　　在暗黑大陆这个特殊的环境之下，多种文明和科技的碰撞，让暗黑大陆走出了一条截然不同的路。
　　超级感染体的数量越来越多，但何以居的科技已经开始向外辐射，除了定期清理变异体和超级感染体的小队，从总基地流出的大量新型武器开始在暗黑大陆流通。
　　奇迹商队赚的盆满钵满，当然，何以居自己的商队也发展的非常不错。在这一年的秋季，何以居解锁了指挥中心的天赋，并且成功建造了第一个指挥中心，拿回了自己的充当指挥中心的壳。
　　何以居再次成为了一只有壳的蜗牛，摸着手上的空间戒指，低低叹息了一声。
　　这一年的冬季，总基地的居民有些炸锅了，因为他们的第二个指挥官也失踪了，当然，何以居离开之前留了信件，并且带走了【科技发展基地】建造的深海潜艇。
　　众人猜测他可能去了母河，只只是凛冬将至，他们不能离开去寻找，更何况他们还要再建造一艘潜水艇。
　　何以居虽然离开了基地，但新建造的指挥中心已经让基地完全可以自由发展。这大概就是基地发展到最终的模样，指挥官只是基地的引导者，并非领导者和掌控者，当有一天基地真的独立生存在暗黑大陆，那大概就意味着，指挥官的任务结束了。
　　至于何以居，则顶着风雪来到了母河，母河的河水格外冰冷，何以居还是走了进去，等走到足够深度便放出了潜水艇。在企鹅仔的帮助下设定航线，而目标就是巨型章鱼化石所在的那个无底悬崖。
　　“仔仔，爸爸带你去找另一个爸爸，然后罚他种一辈子白菜！”何以居摸着小企鹅的脑袋，小企鹅用翅膀抱住了何以居的手，回以安慰。
　　潜艇沿着海底裂缝，渐渐隐没在黑暗之中，沿着巨大的章鱼触角化石，何以居完全不担心迷路。再一次停留在巨大章鱼化石的附近，感受着深海巨兽的庞大。这只作为框架支撑的庞大生物，静静沉睡在深海悬崖的边沿，一半在深渊，一半在海底。
　　“这里应该就是次元门了，庞大到足够贯穿两个世界的生物，只是我们要从哪里进去？”何以居虽然反应迟钝，但他用了一年多的时间来仔仔细细回忆商九辕失踪前的点点滴滴，结合手机中查到的资料，最终确定，这里应该就是商九辕失踪前来的地方。